Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Metody/Analiza bioinformatyczna
Do zidentyfikowania ORFów w sekwencji genomu badanego bakteriofaga wykorzystywano program RAST [Aziz, 2008] (Podrozdział 1.6.1).
Wykryte ORFy (Podrozdział 4.17.1) wizualizowano przy pomocy programu Artemis (Podrozdział 1.6.2), a wygenerowane w nim sekwencje aminokwasowe produktów białkowych wykrytych ORF-ów dopasowywano do zdeponowanych w bazie NCBI sekwencji aminokwasowych znanych białek za pomocą programu BLAST P (Podrozdział 1.6.3). Potencjalne domeny białkowe wykrywano przy pomocy programu HMMER wyszukującego ukryte modele Markowa [https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer] (Podrozdział 1.6.4). Narzędzia BLAST N (Podrozdział 1.6.3), również dostępnego na stronie NCBI, używano do wykonywania globalnego dopasowania sekwencji nukleotydowej genomu badanego bakteriofaga do zdeponowanych w bazie sekwencji nukleotydowych oraz do dopasowania sekwencji badanego genomu z sekwencjami nukleotydowymi genomów znanych bakteriofagów Serratia. Fragmenty genomu badanego bakteriofaga, które wykazywały homologię z sekwencjami nukleotydowymi genomów znanych bakteriofagów Serratia analizowano z użyciem narzędzi: Serial Cloner, w którym zaznaczano i kopiowano sekwencje homologiczne na podstawie koordynatów podanych przez BLAST N oraz BLAST X, dzięki któremu przewidywano funkcje produktów białkowych genów zawartych w tychże sekwencjach.
Do określenia przynależności taksonomicznej badanego bakteriofaga wykorzystywano narzędzie dostępne na stronie http://biodev.cea.fr/virfam/. Plik tekstowy zawierający sekwencje aminokwasowe potencjalnych produktów białkowych ORF w formacie FASTA implementowano do programu i wydawano dyspozycję analizy do realizacji. Wynik analizy białek strukturalnych z pliku tekstowego wykonanej przez program VIRFAM otrzymywano w formie wiadomości email, w której zawarte były informacje o przynależności badanego bakteriofaga do rodziny taksonomicznej oraz klastra (Podrozdział 1.6.5).
Wirtualne cięcia wykonywano z użyciem programu Serial Cloner. Program w oparciu o zaimplementowaną sekwencję nukleotydową badanego bakteriofaga, wybrane enzymy restrykcyjne i informację o topologii cząsteczki kwasu nukleinowego (kolista lub liniowa) generował grafikę ilustrującą oczekiwany elektroforegram, co umożliwiało wybór właściwych enzymów restrykcyjnych na potrzeby badań. Wirtualnych cięć nie opublikowano w niniejszej pracy.
Wyszukiwanie genów tRNA odbywało się z użyciem programu ARAGORN. Po zaimplementowaniu do programu sekwencji nukleotydowej genomu badanego faga program dokonywał analizy, której wyniki wyświetlane były w formie tekstowej (odczytu z programu ARAGORN nie zamieszczono w niniejszej pracy).
Dodatkowe informacje o autorach i źródle znajdują się na stronie dyskusji.