Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Wstęp/Bakterie rodzaju Serratia i infekujące je bakteriofagi

1.7 Bakterie rodzaju Serratia i infekujące je bakteriofagi

 Podczas doświadczeń wykonywanych na potrzeby niniejszej pracy wykorzystano jako gospodarzy dwa szczepy z rodzaju Serratia sp.: OS10 i W54. Serratia to gramujemne i nieprzetrwalnikujące pałeczki z klasy Gammaproteobacteria, rodziny Enterobacteriaceae [Bender i in., 2018]. Długość komórek zawiera się w przedziale 1-5 μm [Bender i in., 2018]. Bakterie z rodzaju Serratia są względnymi tlenowcami [Bender i in., 2018]. Cechą charakterystyczną przedstawicieli rodzaju Serratia na tle pozostałych przedstawicieli rodziny Enterobacteriaceae jest zdolność do produkcji 3 enzymów: DNazy NucA, lipazy oraz żelatynazy (serralizyny) [Benedik & Strych, 1998]. Rodzaj Serratia obejmuje 15 gatunków [www.itis.gov, dostęp: 30.08.2019]:

1. Serratia entomophila [Grimont i in., 1988],
2. Serratia ficaria [Gill i in., 1981],
3. Serratia fonticola [Gavini i in., 1979],
4. Serratia glossinae [Geiger i in., 2010],
5. Serratia grimesii [Grimont i in., 1983; Bergan i in., 1983],
6. Serratia liquefaciens [Grimes & Hennerty, 1931],
7. Serratia marcescens [Grimont, 2005],
8. Serratia nematodiphila [Zhang i in., 2009],
9. Serratia odorifera [Grimont i in., 1978b],
10. Serratia plymuthica [Breed i in., 1948],
11. Serratia proteamaculans [Paine & Stansfield, 1919; Grimont i in., 1978a],
12. Serratia quinivorans [Grimont i in., 1983; Ashelford i in., 2002],
13. Serratia rubidaea [Stapp, 1940; Ewing i in., 1973],
14. Serratia symbiotica [Sabri i in., 2011],
15. Serratia ureilytica [Bhadra i in., 2005],

Wielu przedstawicieli bakterii z rodzaju Serratia jest patogenami oportunistycznymi człowieka. Do infekcji człowieka bakteriami Serratia dochodzi przeważnie w szpitalach. Bakterie te zdolne są do tworzenia biofilmów, co niektórym gatunkom umożliwia kolonizację dróg oddechowych, cewki moczowej oraz przewodu pokarmowego osób dorosłych [Abdollahi i in., 2008].
 Dotychczas zsekwencjonowano 20 bakteriofagów infekujących bakterie z rodzaju Serratia (Tabela 4). Dodatkowo eksperymentalnie scharakteryzowano jeszcze jednego, którego genom oszacowano (w oparciu o analizę restrykcyjną) na około 57 kb. SM701 zaliczony został do rodziny Siphoviridae i jest fagiem zjadliwym [Yu i in., 2008].

Tabela 4. Wykaz zsekwencjonowanych bakteriofagów infekujących Serratia.

Rząd	Rodzina	Gatunek	Długość genomu	Numer GeneBank	Miejsce izolacji
Caudovirales	Ackermannviridae	KPN4	160,268 bp	KX452697.1	21°08'16.8"N 79°09'24.1"E ścieki Bhandewadi
		2050H1	159,631 bp	MF285619.1	b.d.
		vB_SmaA_3M	159,398 bp	MH929319.1	b.d.
		φMAM1	157,834 bp	JX878496.1 NC_020083.1	52°14'01.3"N 0°09'11.2"E ścieki Milton (Cambridge, United Kingdom)
		vB_Sru_IME250	154,938 bp	KX147096.1 NC_042047.1	39°52'02.5"N 116°21'20.8"E ścieki Szpital YouAn
	Myoviridae	BF	357,154 bp	KY630187.1 NC_041917.1	Kompost z trawy
		2050HW	276,025 bp	MF285618.1	b.d.
		Moabite	273,933 bp	MK994515.1	farma trzody chlewnej
		X20	172,450 bp	MF036692.1	52°14'01.3"N 0°09'11.2"E ścieki Milton (Cambridge, United Kingdom)
		χ14	171,175 bp	MF036690.1 NC_041996.1
		CBH8	171,175 bp	MF036691.1
		PS2	167,266 bp	KJ025957.1 NC_024121.1	b.d.
		MyoSmar	68,745 bp	MN062189.1	b.d.
		MTx	(częściowy) 68,621 bp	MK618717.1	b.d.
	Podoviridae	Parlo	62,853 bp	MK618715.1	b.d.
		SM9-3Y	39,631 bp	KX778611.3	b.d.
		2050H2	39,216 bp	MF285620.1	b.d.
	Siphoviridae	Scapp	42,969 bp	MH553517.1	b.d.
		Serbin	42,882 bp	MK608336.1	30°38'06.5"N 96°17'52.5"W Sadzawka College Station, Texas
		η	42,724 bp	KC460990.1 NC_021563.1	b.d.