Wstępna charakterystyka bakteriofaga Serratia φOS10/Wstęp/Bakterie rodzaju Serratia i infekujące je bakteriofagi

Podczas doświadczeń wykonywanych na potrzeby niniejszej pracy wykorzystano jako gospodarzy dwa szczepy z rodzaju Serratia sp.: OS10 i W54. Serratia to gramujemne i nieprzetrwalnikujące pałeczki z klasy Gammaproteobacteria, rodziny Enterobacteriaceae [Bender i in., 2018]. Długość komórek zawiera się w przedziale 1-5 μm [Bender i in., 2018]. Bakterie z rodzaju Serratia są względnymi tlenowcami [Bender i in., 2018]. Cechą charakterystyczną przedstawicieli rodzaju Serratia na tle pozostałych przedstawicieli rodziny Enterobacteriaceae jest zdolność do produkcji 3 enzymów: DNazy NucA, lipazy oraz żelatynazy (serralizyny) [Benedik & Strych, 1998]. Rodzaj Serratia obejmuje 15 gatunków [www.itis.gov, dostęp: 30.08.2019]:

  1. Serratia entomophila [Grimont i in., 1988],
  2. Serratia ficaria [Gill i in., 1981],
  3. Serratia fonticola [Gavini i in., 1979],
  4. Serratia glossinae [Geiger i in., 2010],
  5. Serratia grimesii [Grimont i in., 1983; Bergan i in., 1983],
  6. Serratia liquefaciens [Grimes & Hennerty, 1931],
  7. Serratia marcescens [Grimont, 2005],
  8. Serratia nematodiphila [Zhang i in., 2009],
  9. Serratia odorifera [Grimont i in., 1978b],
  10. Serratia plymuthica [Breed i in., 1948],
  11. Serratia proteamaculans [Paine & Stansfield, 1919; Grimont i in., 1978a],
  12. Serratia quinivorans [Grimont i in., 1983; Ashelford i in., 2002],
  13. Serratia rubidaea [Stapp, 1940; Ewing i in., 1973],
  14. Serratia symbiotica [Sabri i in., 2011],
  15. Serratia ureilytica [Bhadra i in., 2005],

Wielu przedstawicieli bakterii z rodzaju Serratia jest patogenami oportunistycznymi człowieka. Do infekcji człowieka bakteriami Serratia dochodzi przeważnie w szpitalach. Bakterie te zdolne są do tworzenia biofilmów, co niektórym gatunkom umożliwia kolonizację dróg oddechowych, cewki moczowej oraz przewodu pokarmowego osób dorosłych [Abdollahi i in., 2008].
Dotychczas zsekwencjonowano 20 bakteriofagów infekujących bakterie z rodzaju Serratia (Tabela 4). Dodatkowo eksperymentalnie scharakteryzowano jeszcze jednego, którego genom oszacowano (w oparciu o analizę restrykcyjną) na około 57 kb. SM701 zaliczony został do rodziny Siphoviridae i jest fagiem zjadliwym [Yu i in., 2008].

Tabela 4. Wykaz zsekwencjonowanych bakteriofagów infekujących Serratia.
Rząd Rodzina Gatunek Długość genomu Numer GeneBank Miejsce izolacji
Caudovirales Ackermannviridae KPN4 160,268 bp KX452697.1 21°08'16.8"N
79°09'24.1"E
ścieki

Bhandewadi

2050H1 159,631 bp MF285619.1 b.d.
vB_SmaA_3M 159,398 bp MH929319.1 b.d.
φMAM1 157,834 bp JX878496.1
NC_020083.1
52°14'01.3"N
0°09'11.2"E
ścieki Milton
(Cambridge, United Kingdom)
vB_Sru_IME250 154,938 bp KX147096.1
NC_042047.1
39°52'02.5"N
116°21'20.8"E
ścieki Szpital YouAn
Myoviridae BF 357,154 bp KY630187.1
NC_041917.1
Kompost z trawy
2050HW 276,025 bp MF285618.1 b.d.
Moabite 273,933 bp MK994515.1 farma trzody chlewnej
X20 172,450 bp MF036692.1 52°14'01.3"N
0°09'11.2"E
ścieki Milton
(Cambridge, United Kingdom)
χ14 171,175 bp MF036690.1
NC_041996.1
CBH8 171,175 bp MF036691.1
PS2 167,266 bp KJ025957.1
NC_024121.1
b.d.
MyoSmar 68,745 bp MN062189.1 b.d.
MTx (częściowy)
68,621 bp
MK618717.1 b.d.
Podoviridae Parlo 62,853 bp MK618715.1 b.d.
SM9-3Y 39,631 bp KX778611.3 b.d.
2050H2 39,216 bp MF285620.1 b.d.
Siphoviridae Scapp 42,969 bp MH553517.1 b.d.
Serbin 42,882 bp MK608336.1 30°38'06.5"N
96°17'52.5"W
Sadzawka
College Station,
Texas
η 42,724 bp KC460990.1
NC_021563.1
b.d.



Tekst udostępniony jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa-Na tych samych warunkach 3.0.
Dodatkowe informacje o autorach i źródle znajdują się na stronie dyskusji.